Le endonucleasi rappresentano gli enzimi di restrizione utilizzati in un laboratorio di biologia molecolare e si suddividono in tre classi identificate con i numeri romani I, II e III. Le diverse classi di enzimi riconoscono una sequenza caratteristica a livello del filamento; le endonucleasi di tipo I e III operano un taglio esterno a questa sequenza, ovvero spostato di un determinato numero di nucleotidi, a differenza delle endonucleasi di tipo II che operano il taglio all’interno della sequenza.
Il vantaggio, in un laboratorio, determinato dall’utilizzo delle endonucleasi di tipo II è evidente: in questo modo si conosce perfettamente il punto di taglio e, pertanto, in una linea d’informazione genetica è possibile tagliare, utilizzando le opportune endonucleasi, specifiche zone del filamento che, per esempio, potrebbero comprendere dei geni di particolare interesse.
Tipo | Cofattori | Taglio |
---|---|---|
I | ATP e SAM | Distante dal sito di riconoscimento. |
II | Nessuno richiesto per il taglio. | Nel sito di riconoscimento. |
III | ATP e SAM | Distante dal sito di riconoscimento. |
Livello di taglio di EcoRI
Analizzando la sequenza di taglio di EcoRI, possiamo notare che la sequenza è palindromica se osservata nel doppio filamento. In altre parole leggendo da 5′ → 3′ e viceversa la sequenza GAATTC rimane sempre uguale.